Carlos de Borbón (Carlo di Borbone) decidió construir un refugio de caza en la colina de Capodimonte en 1738. Ejecutado según un plan de Antonio Medrano, el edificio se completó un siglo después. De 1758 a 1806, Carlos de Borbón transfirió al palacio napolitano los tesoros históricos y artísticos de la colección Farnese heredada de su madre Elisabetta.
A esta impresionante colección, añadió obras que la familia borbónica había recopilado en su palacio de Roma.
Durante la ocupación francesa de 1806 a 1815, el edificio se convirtió en residencia. Las habitaciones del Palazzo se amueblaron para dar cabida a los nuevos soberanos, y todas las obras de arte y antigüedades se llevaron al edificio Palazzo degli Studi, que más tarde se convertiría en el Museo Arqueológico Nacional.
En 1920, el palacio pasó de la Corona al Estado. En 1957, el Museo e Gallerie Nazionali di Capodimonte, uno de los museos italianos más importantes, abrió sus puertas al público.
La colección Farnese, creada por Alessandro Farnese (más tarde Papa Pablo III), tiene dos ramas: la colección romana (con obras de Rafael, Sebastiano Del Piombo, Tiziano, El Greco, los hermanos Carracci y Botticelli) y la colección Parmesan (importantes obras flamencas y obras de pintores de la región de Emilia). La colección Farnese fue heredada por Carlos de Borbón y se enriqueció a lo largo de dos siglos con importantes adquisiciones de la época borbónica, formando lo que ahora se denomina la «Collezione Borbone».
El museo también conserva una serie de pinturas procedentes de iglesias napolitanas, entre ellas dos obras maestras de Caravaggio, una de ellas la famosa Flagelación de Cristo.
Tendrá la oportunidad de admirar pinturas de la escuela liguriano-provenzal, de la Toscana y Verona del siglo XV, de las escuelas de Emilia y Véneto de los siglos XVI, XVII y XVIII, así como obras de manieristas y pintores flamencos de los siglos XV y XVI y una rica colección de pinturas de la escuela napolitana (siglos XV al XVII).
El segundo piso del museo alberga una colección de obras de artistas contemporáneos conocidos y célebres, que forman un emocionante contraste con las colecciones históricas.