El tiempo es un factor para tomar en cuenta a la hora de planear tu viaje a Sekigane Onsen, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son agosto y julio, con una temperatura promedio de 24 °C, mientras que los meses más fríos son enero y febrero, con un promedio de 6 °C. Los meses más lluviosos en Sekigane Onsen son julio, septiembre, agosto y junio, con un promedio de precipitaciones en cada mes de 287 mm.